Размещение отдельных коллекций в экспозиции музея исторически определялось необходимостью приспособиться к помещениям, не запланированным, как выставочные залы. Отчасти эту делему удалось решить, но, все же, до сего времени экспозиция морских млекопитающих, расположенная в I зале музея, разделена от основной периодической коллекции этого класса, а экспозиция насекомых, расположенная на хорах второго этажа – от общей коллекции беспозвоночных животных.
Поднявшись по одной из 2-ух широких лестниц из вестибюля в I зал музея, можно узреть расположенные на стенках карты – историческую, отражающую маршруты и даты более узнаваемых географических и зоологических открытий, и зоогеографическую, позволяющую оценить достояние и обилие животного мира отдельных материков. Тут же, по левой стороне зала, представлена занимающая целую стенку схема эволюционного развития животного мира. Для желающих ознакомиться с принципами, на которых построена эта схема, напротив развернута отдельная экспозиция об эволюционном учении Ч.Дарвина, где коротко затронуты главные нюансы современной эволюционной биологии – изменчивость, наследственность и некие другие. В числе иных экспонатов тут можно узреть редчайшие породы домашних питомцев, также единственное в мире чучело пингвина-альбиноса.
Построение экспозиции II и III залов музея подчинено строго обоснованной научной системе животных. Для каждого типа беспозвоночных и каждого класса позвоночных животных дается короткая черта группы, особенности внутреннего и наружного строения ее представителей, их происхождение и эволюция. Видовое обилие таксонов отражено в периодической коллекции, а с критериями обитания отдельных видов и сообществ можно ознакомиться, осмотрев витрины и диорамы, представляющие разные био группы.
Основная часть правой стороны II зала музея занята коллекцией беспозвоночных животных. начиная с одноклеточных и губок и заканчивая более высокоорганизованными из их – иглокожими и моллюсками.
Левая, полностью посвященная периодической части коллекций, начинается с экспозиции простых хордовых животных – оболочников и бесчерепных, потом следуют периодические коллекции рыб. амфибий. пресмыкающихся и птиц. Экспозиция, представляющая систематику млекопитающих. размещена по левой стороне III зала музея.
Правая сторона обоих залов, кроме коллекции беспозвоночных животных, представлена, в главном, витринами, показывающими животных в их естественной среде обитания – так именуемыми биогруппами. Исключение составляют витрины и стенды III зала, посвященные истории фауны ледникового периода.